Kroz jačanje transnacionalne i međuregionalne suradnje pridonosi se sveukupnom razvoju teritorijalne suradnje, povećanju međunarodne konkurentnosti hrvatskih regija, smanjenju društvene i gospodarske nejednakosti među hrvatskim regijama i ujednačavanju njihova razvoja.
U financijskom razdoblju 2007.- 2013. Republika Hrvatska je sudjelovala u dva transnacionalna programa (Jugoistočna Europa i Mediteran), dok je u novom razdoblju 2014.-2020. proširena mogućnost sudjelovanja u četiri programa transnacionalne suradnje (Mediteran, Dunav, Jugoistočna vrata i Središnja Europa), a područja koje će obuhvaćati ti programi će u teritorijalnom smislu uključivati cijelu Hrvatsku.
Sudjelovanje u transnacionalnim programima u pretpristupnom razdoblju bilo je ograničeno u smislu raspoložive IPA alokacije i mogućnosti preuzimanja vodeće uloge u projektima, dok će u novoj financijskoj perspektivi Republika Hrvatska sudjelovati u punom kapacitetu kao i ostale države članice Europske unije te će imati jednaka prava i obveze.
Program transnacionalne suradnje Mediteran 2014.-2020. nastavak je transnacionalne suradnje bez većih izmjena prihvatljivog područja iz prethodnog razdoblja, osnaživanja postojećih i izgradnje novih partnerstva, nadogradnje postignutih rezultata i daljnje razmjene iskustava između država sudionica programa. U Programu sudjeluje deset država članica EU: Hrvatska, Slovenija, Cipar, Malta, Grčka, određene regije Francuske, Italije, Portugala, Španjolske i Velika Britanije te tri države nečlanice: Albanija, Crna Gora i Bosna i Hercegovina. Ulogu Upravljačkog tijela obavljat će kao i u prethodnom razdoblju Regija Provence-Alpes-Côte-d’Azur, Francuska. Program suradnje odobren je od strane Europske komisije 2. lipnja 2015. godine.
U Programu transnacionalne suradnje Dunav sudjeluje devet država članica Europske unije: Austrija, Njemačka (s dvije regije), Slovačka, Češka, Slovenija, Mađarska, Rumunjska, Bugarska i Hrvatska; tri IPA države: Bosna i Hercegovina, Crna Gora i Srbija te dvije ENI partnerske države: Moldavija i Ukrajina (s četiri regije). Upravljačko tijelo Programa je Ministarstvo nacionalnog gospodarstva, Mađarska. Program suradnje odobren je od strane Europske komisije 20. kolovoza 2015. godine.
U Jadransko-jonskom programu transnacionalne suradnje sudjeluju četiri države članice Europske unije: Slovenija, Italija, Grčka i Hrvatska te četiri IPA države: Bosna i Hercegovina, Crna Gora, Srbija i Albanija. Upravljačko tijelo Programa je Regija Emilia-Romagna, Italija. Program suradnje odobren je od strane Europske komisije 20. listopada 2015. godine.
Program transnacionalne suradnje Središnja Europa u teritorijalnom smislu obuhvaća 9 država članica Europske unije (Austrija, Češka, Hrvatska, Mađarska, Poljska, Slovenija i Slovačka cijelim teritorijem sudjeluju u Programu, dok Njemačka i Italija sudjeluju samo dijelom svojih regija). Upravljačko tijelo Programa je Grad Beč, Austrija. Program je odobren od strane Europske komisije 16. prosinca 2014. godine.
